SJISだと「¥」(0x5C) を検索すると「表」(0x95 0x5C) にマッチしてしまったり
EUC-JPだと「海」(0xB3 0xA4) を検索すると「ここ」(0xA4 0xB3 0xA4 0xB3) にマッチしてしまったりする。
そのため低速なマルチバイトに対応した関数（mb_）を利用する必要があった。
それがUTF-8が全盛の時代になって文字コード問題に対して配慮する必要が減ったが無くなった訳では無い。

BOM問題

文章ファイルを保存時にBOM（Byte Order Mark）と呼ばれる「0xEF 0xBB 0xBF」の3バイト文字を付けるか付けないかで、BOMありを「UTF-8」としBOMなしを「UTF-8N」と呼んだりする。Linux系のスクリプト（PHP等）ではファイルの先頭の文字にBOMがあると正常に動かないし逆にMicrosoft製のソフトではBOMが無いと正常に動かない。

〜 （波ダッシュ）問題

波ダッシュ – Wikipediaに詳しく書かれてるが古いWindowsのアプリで編集すると〜が消えてしまう。

UTF-8 4バイト問題

UTF-8に対応してると言ってもソフトによっては3バイトまでしか対応していなかったりする。
例えば「辰𠮷𠀋一郎」の𠮷（吉）と𠀋（丈）といった4バイト文字を扱おうとすると、個人的に愛用してる「Mery」も少し前のバージョンは表示できなかったし、人気DB「MySQL」もちょっと前まで未対応だった。MySQLの場合はRDS MySQL5.5.33 で『utf8mb4』(4バイト対応UTF-8文字コードセット)を試してみたを試してみたの通りすると対応出来るらしい。MySQLのバージョンや設定が変えられない場合は該当文字を実体参照にして格納する方法もあります。